İstanbul’un Osmanlı Devleti’nin eline geçmesinden yaklaşık 60 yıl sonra, şehir acı kuşatma ve çatışmaların ağırlığını üstünden yeni yeni atıp, bambaşka bir çehreye büründüğü yıllarda büyüklüğü tarif edilemez bir deprem İstanbul’u yıkıp gitmişti. 10 Eylül 1509 tarihinde, tarihçilerin büyüklüğünü izah etmekten aciz oldukları bir deprem yaşandı.

Depremde, 160.000 nüfuslu İstanbul’da yaklaşık 13.000 kişi hayatını kaybetti mevcut 35.000 hanenin 3000’e yakını harabe oldu. Depremde Topkapı Sarayı’nın da büyük hasar alması, sarayın duvarlarından bazılarının çökmesi hanedan mensubu bazı kişilerin ölümüne yol açtı. Sultan II. Bayezid bu nedenle günlerce sarayın bahçesinde bir çadırda kalmıştır.
Büyüklüğünün 7.0’dan büyük olduğundan emin olunduğu deprem, Topkapı Sarayı’na, surlara, Fatih Cami’sine, Yoros Kalesi’ne, Anadolu ve Rumeli Hisarı’na, Kızkulesi’ne büyük hasar verdi. Haliç, Galata ve Pera civarlarında zeminde yarılmalar meydana geldi. İstanbul’un kayda geçmiş ilk tsunamisi de bu depremde gerçekleşmiş, dalgaların Galata Kulesi’ne kadar ulaştığı belirtilmiştir.

Deprem yaklaşık bir dakika içinde bütün İstanbul’u yıkmış, hatta Marmara ve Ege adalarına büyük hasar vermişti. Sarsıntıların Kırım‘dan, hattaKahire‘den hissedildiği deprem, bu büyük etkisi nedeniyle halk arasındaKıyamet-i Suğra yani Küçük Kıyamet olarak anılmıştı.
Can kayıplarının ardından Devlet-i Osmani halkın taştan binalar yapmasını engellemeye çalışmış ve gerçekleşecek yeni depremlerde can kaybını en aza indirmek için şehir ahşap evlerle çevrelenmişti. Depremden sonra 1512 tarihine kadar dört kere Edirne ve üç kere de İstanbul’da artçıları hissedilmişti.