HPV enfeksiyonunun sonuçları ciddidir. HPV ile enfekte olmuş kadınlarda genital siğil, vulva ve serviks kanseri gibi genital kanserlerin riski artmıştır. Erkekte de penis ve skroturum, yenidoğanda da boğaz kanseri (laringeal papillomatozis) riski artmaktadır. Ancak sadece birkaç tipi (tip 16, 18, 31, 33, 35) kanser ile ilişkilidir. Bu tipler genellikle sessiz (subklinik) seyreden hastalığa sebep olurlar. Genellikle belirti vermezler ve sadece smear testi veya lezyondan alınan hücresel değişikliklerde ortaya çıkmaktadırlar.