Balıklarda sindirim sisteminde büyük farklılıklar gözlenir. Bütün balıklarda görülen karaciğer genel olarak büyüktür ve yumuşak bir dokudan oluşur. Kıkırdaklı balıkların dışında,pankreasın yerini ya mide ile bağırsağın birleştiği mide kapısının çevresinde bulunan özel bir dokudan oluşmuş kör bağırsaklar ya da bağırsağın başlangıcında bulunan bu dokunun kendisi alır. Ağzı donatan dişler de büyük ölçüde değişkenlik gösterir. Yalnızca birkaç türde hiç diş bulunmaz. Dişler, genellikle avı tutmaya yada parçalamaya yarar.



Balıkların çoğu hayvansal besinlerle beslenirler. Yırtıcı olanların büyük bir bölümü, kendi türlerinden olanları bile ayırt etmeksizin balıklara saldırarak beslenirler. Bazılarıysa kabukluları ve yumuşakçaları yer. Az sayıda balık türüyse bitkicildir ,(bitkisel maddelerle beslenirler) ya da midelerini mikroskobik hayvancıklarla dolu suların çamuruyla doldururlar.Balıkların böbrekleri omurga boyunca uzanır; ama sidik torbası göden bağırsağının üstündedir ve memelilerdekinin tersine, anüs ile üreme açıklığının arkasından dışarı açılır.