Simyanın geliştiği her kültürde, her zaman ezoterik veya "mistik" bir gelenekle yakın ilişkisi vardı: Çin'de Taoculuk, Hindistan'da Yoga ve Tantrizm, Helenistik Mısır'da gnostisizm, İslam ülkelerinde Hermetik ve mistik okullarla, Orta Çağ ve Rönesans Avrupa'da Hermetizm, Hıristiyan ve mezhebi mistisizm ve Kabala ile. Kısacası, bütün simyagerler sanatlarının esas ezoterik ve mistik geleneklerine benzer bir amaca güden ezoterik bir teknik olarak tanımlamışlardır.

Bu sebepten dolayı, simyager tarafından sır önemle vurgulanmaktadır, diğer bir deyişle simya doktrin ve tekniklerinin ezoterik aktarımı. En eski Helenistik eser, Physike Kai Mystike (muhtemelen M.S. 200), kitabın nasıl bir Mısır mabedinin sütununda saklı bulunduğunu anlatır. Klasik Hint simya eseri Rasãrnava'nın önsözünde Tanrıça Tanrı Şiva'ya hayattayken kurtulmuş jivanmuleta olmanın sırrını soruyor. Şiva ona sırrın, ara tanrılar arasında dahi ender olarak bilindiğini söyler. Sır tutmanın önemi yine Çin simyager Ko Hung (260-340) tarafından şu şeklide vurgulamıştır: "sır örtüsü etkin reçeteler üzerine konulur... Söz konusu maddeler olağandır, ancak yine de şifreyi bilmeden tanımlanamaz" Pao-p'ru-tzu, bölüm 16). Batı Rönesans sonrası simya metinlerinin kasıtlı anlaşılmazlığı neredeyse bir klişedir. On beşinci asırda "Rosarium Philosophorum" eserinde alıntısı yapılan bir yazar şöyle diyor: "Sadece felsefe taşını yapmayı bilen kişi onunla ilgili sözlerin anlamını bilir." Rosarium okura soruların, aynı şiirlerin efsane ve alegorileri kullandığı gibi "mistik" aktarılması gerektiğini uyarır. Kısacası, gizli bir dile karşı karşıyız. Bazı yetkin kişilere göre, kitaplardaki sırları açıklamamak için bir yemin bile vardı (Eliade'de gösterilen eserler, 1978, sayfa 164).

Simya çalışmasının evreleri bir inisiyasyon, insanı radikal şekilde dönüştürmeye yönelik bir dizi belirli deneyim içermektedir. Ancak başarılı inisiye artık yeni varoluş şeklini basit bir dilde yeterli olarak ifade edememektedir. O zorunlu olarak "gizli bir dil" kullanmayı yönlendirilmiştir. Tabii ki gizlilik, çömlekçilik, madencilik, metalürji, tıp ve matematik gibi hemen hemen bütün teknikler ve bilimlerin erken dönemlerinde genel bir kuraldı. Yöntem, alet, reçetelerin gizli aktarımı Çin, Hindistan, Orta Doğu ve eski Yunanistan'da oldukça iyi belgelenmiştir. Hatta, Galen gibi geç dönem bir yazar bile öğrencisine öğrettiği tıp bilgilerinin aynen Eleusis misterlerine inisiyasyon (teletê) alan bir adayın aldığı şekilde kabul edilmesi gerektiğini uyarır. Denilebilir ki, bir sanat, teknik veya bilimin sırlarına girmek bir inisiyasyona girmekle eş tutulurdu.

Gizlilik ve şifreleme şartı simya işinin başarılmasıyla bitmediği önemli bir olgudur. Ko Hung'a göre iksiri elde eden ve ölümsüz olan üstadlar yeryüzünde gezinmeye devam ediyorlar, ancak durumlarını, ölümsüz olmalarını saklıyorlar ve sadece birkaç simyager tarafından tanınıyorlar. Aynı şekilde, Hindistan'da gerek Sanskritçe, gerekse de diğer etnik dillerde asırlardır yaşayan, ancak ender olarak kimliklerini açıklayan bazı ünlü siddhiler, yogin simyager hakkında çok kapsamlı bir literatür vardır. Aynı inancı orta ve batı Avrupa'da karşılıyoruz. Nicolas Flamel ve karısı Pernelle gibi bazı Hermetistler ve simyagerlerin yaşıtları tarafından tanınmadan süresiz yaşadıkları anlatılmaktaydı. On yedinci asırda benzeri bir efsane Gül Haçlılar ve takip eden asırda daha popüler seviyede esrarengiz Comte de Saint Germain hakkında şayi olmaktaydı.