II. İzzettin Keykâvus’un torunudur. Sultan II. Mesut’un bir ayaklanmaya katıldığı gerekçesiyle görevinden uzaklaştırılması üzerine Gazan Han onun yerine yeğeni III. Alaattin (Alaeddin) Keykubat’ı Anadolu Selçuklu tahtına çıkardı (1298). Gazan Han daha sonraki yıllarda olan ayaklanmalara katılmayan ve kendisine bağlılığını sürdüren III. Alaattin Keykubat’ı Moğol hanedanından bir prensesle evlendirdi. Ayrıca Erzurum’dan Antalya’ya, Sinop’ tan Diyarbakır’a kadar bütün Selçuklu topraklarının egemenliğini ona bağışladığını bildirdi. Fakat Anadolu’daki Moğol baskısı giderek arttı. Tebriz’den gönderilen memurlar, devlet hazinesini ve halkı soyuyorlardı. Bir süre sonra Selçuklu sultanı ve devlet adamları da aynı yola başvurup halka zulme varan davranışlarda bulununca, durum adaletiyle tanınan ve Anadolu’daki Moğol askerlerinin komutanı olan Abışga Noyan’a bildirildi o da bu yakınmaları Gazan Han’a iletti. Bunun üzerine Gazan Han, Alaattin Keykubat’ın bütün yetkilerini geri aldı ve Abışga Noyan’ ın izni olmadan hiçbir iş yapmamasını buyurdu. Abışga, Sivas’ta bulunan sultana haber gönderip yanına Yabanlu’ yu getirtti. Daha sonra Gazan Han’ın yanma gönderilen III. Alaattin Keykubat yargılanıp idama mahkûm edildiyse de Moğol prensesi olan karısının yardımıyla ölümden kurtuldu ve İsfahan’da oturmasına karar verildi (1301).
Sultan, ölümüne kadar burada yaşadı. Büyük Selçuklu sultanlarının İsfahan’ daki türbesine gömüldü.