II. İzzettin Keykavus’un oğludur. Babası ile birlikte Selçuklu ülkesinden sürülünce İstanbul’a, oradan da Kırım’ a gitti. Babasının 1278’de ölümünden sonra Sinop’a, oradan İran’a geçerek İlhanlı hükümdarı Abaka’ya bağlılığını bildirdi. Kendisine Erzurum, Erzincan ve Sivas yöresi verildi. Abaka Han’ın 1282’de ölümünden sonra Ahmet Teküdar Han Anadolu’yu II. Mesut ve III. Gıyasettin Keyhüsrev arasında paylaştırdı. 1284’te tahta çıkan Argun Han, düşmanlarıyla işbirliği yaptığı gerekçesiyle III. Gıyasettin’i Kayseri’ de öldürterek Selçuklu tahtını tek başına Mesut’a verdi. II. Mesut bazı beylerin yardımı ile Selçuklu Devleti’ni yeniden düzene sokmak istedi, ancak Moğolların sürekli baskıları karşısında fazla bir şey yapamadı. 1289’da kardeşi Kılıç Arslan ile yaptığı saltanat savaşında tutsak düştüyse de kurtarıldı ve kardeşi öldürüldü. 1296’da İlhanlı hükümdarı tarafından tahttan indirilerek Hemedan’a sürgüne gönderildi. İki yıl boş kalan Anadolu Selçuklu tahtına 1298’de III. Alaattin Keykubat geçirildi. III. Keykubat, 1302’de İsfahan’a sürülüp öldürüldükten sonra II. Mesut yeniden tahta çıkarıldı.
Hükümdarlığının sonuna kadar hiçbir etkinliği olmadan tahtta kaldı. Onun 1310’da ölümünden sonra hiçbir hükümdarın atanmadığı Selçuklu Devleti son buldu.