Sultan Melikşah Dönemi: 1072-1092
Sultan Alp Arslan'ın beklenilmeyen ölümü üzerine tahta oğlu Melikşah geçti. Alp Arslan döneminde vezirlik makamına getirtilen büyük devlet adamı Nizamü'l-Mülk yeni sultanın bir nevi danışmanı, yönlendiricisi konumundaydı. 25 Kasım 1072 yılında resmen tahta çıkan Melikşah, hakimiyetinin ilk dönemlerini Selçuklu şehzadelerinin çıkardığı huzursuzlukların önüne geçmekle geçirdi. Maveraünnehr'de tahta çıkan Melikşah askerin maaşını toplam 700 bin altın arttırarak ordunun desteğini almayı başarmış ve alelacele 20 günlük yolu 3 günde kat ederek 31 Aralık 1072 yılında Cuma günü Horasan'a gelerek buradan Nişabur'a yerleşip, iç kalede bulunan hazineyi komutanları arasında tahsis etmişti. Bu girişimlerin ardından ordunun kendisine olan bağlılığını pekiştirdikten sonra Kavurd ve kardeşi Tekiş'e karşı harekete geçti. Fars ve Kirman hakimi olan Kavurd zaman zaman devlet aleyhinde başkaldırılarda bulunarak bölgede huzursuzluklar çıkartmaktaydı. Bu olaylara bir son vermek için 1073 yılında Kavurd'a karşı harekete geçen Melikşah onu yenmiş, her hangi bir kargaşaya meydan vermemek için yayının kirişiyle onu boğdurmuştu. Tekiş ise 1080/81 ile 1085 yıllarında iki kez isyan girişiminde bulunmuşsa da başarılı olamamış, gözlerine mil çekilerek etkisiz konuma düşürülmüştü.
Melikşah döneminin en önemli hadisesi Gazneliler ve Karahanlılar'la yapılan savaşlardı. Bu savaşlar sonucunda her iki Türk devleti Selçuklular'ın tabisi durumuna düşmüşlerdi. Ancak Melikşah döneminin en dikkat çekici özelliği devlet içinde bazı anlaşmazlıkların su yüzüne çıkmasıdır. Bunların başında Melikşah'la vezir Nizamü'l-Mülk arasında ilan edilmemiş çekişmenin iyice gerilmesi gelmektedir. Nizamü'l-Mülk otuz yıldan fazla bir süreliğine devlet idaresinin tek yetkilisi konumunda bulunmuş, özellikle ülkenin idari ve teşkilati yapısının gerçek mimarı olmuştu. Ancak, sultanın çevresini saran bazı emir ve devlet yöneticileri Melikşah'ın dikkatini vezirin üzerine çevirmeyi başardılar. Nizamü'l-Mülk hakkında yapılan dedikoduların gerçeklik tarafının olmadığı yönündeki tarihçilerin ileri sürdüğü iddialar pek inandıncı değildir.
Bundart onun hakkında şöyle der:
"Amidü'l-Mülk azledilip ve işten el çektirilip hapsedildiği yere nakledilince Nizamü'l-Mülk'ün işi yoluna girdi, güneşinin ziyası parladı, nefsi, isteklerini elde etti, sancağı yükseldi, kalemi yürüdü, mevkii yüceldi, siyaseti dal budak saldı, kılıcı kesti ve bulutu şimşeklendi".
Nizamü'l-Mülk'ün emrinde 20 binlik kölenin olduğu ve geniş ikta sahasına sahiplik ettiği bu rivayetler arasındadır. Yine bunun gibi oğulları da devlet erkanında yüksek mevkileri işgal etmişlerdi. Nizamü'l-Mülk vezirliği sırasında yapılan hemen hemen bütün seferlere iştirak etmiş ve bütün devlet atamalarını kendi isteği doğrultusunda gerçekleştirilmişti. Akıllı ve devlet idaresini iyi bilen birisi olduğundan sultanın çevresinde onun ikinci bir alternatifi de bulunmuyordu. Melikşah'la Nizamü'l-Mülk arasında saray yöneticilerinin zaman zaman gündeme getirdikleri sürtüşmeler her ikisinin aynı tarihlerde ölmesine kadar sürdü.
Aralarında sessizce sürüp giden çekişmeye rağmen veziri de yanma alıp Bağdat seferine çıkan Sultan Melikşah Nihavend yakınlarındaki Sehne adlı köye geldiklerinde Ebu Tahir-i Arran adlı bir Batıni fedaisinin saldırısına uğrayan Nizamü'l-Mülk 10 Ramazan 485 (14 Ekim 1092) yılında öldü. Bu olaydan 35 gün sonra Sultan Melikşah Bağdat'ta öldü. Ölüm tarihi 16 Şevval 485 (19 Kasım 1092) yılı olarak bilinmektedir.
Sultan Melikşah'ın ölümü Selçuklu İmparatorluğu'nun çöküşünün başlangıcı olarak kabul edilmektedir. Z. Bunyadov'a göre, "Sultan Melikşah'ın ölümünden (1092) sonra şiddetlenen iç çekişmelerin on yıldan fazla sürmesi Selçuklu Devleti'nin zayıflamasının ilk aşaması olarak kabul edilir. Bu büyük devletin zayıflamasına sadece siyasal hadiseler değil, sosyal nitelikli sebeplerde etken olmuştu.
Araştırmacılar Selçuklu askeri teşkilatının temelini teşkil eden Türkmenler arasında yasa ve nizamın olmamasını, büyük fetihlerin tamamlanmasını, İsmail! harekatının meydana getirdiği tehditleri, sultanlık tahtı uğrunda hanedan üyeleri arasında artan mücadelenin bir sonucu olarak cereyan eden iç savaşları siyasal nedenler olarak sıralarlar. İkincisi, sosyal nitelikli sebeplere ise, ikta sahipleri tarafından halk kitlesinin sömürülmesi, vergilerin artması ile bağlantılı olarak şehir zanaatçılarının durumunun kötüye gitmesi gibi nedenler dahil edilmektedir. Bunun dışında, hanedan azasının çeşitli katmanlarında özellikle Türk asker mensuplarıyla yerel memuriyetlerin başındakiler, özellikle de İran menşeli ayanlar arasında zıtlıkların keskinleşmesi zayıflamanın nedenleri arasında gösterilmektedir".
"Nizamü'l-Mülke mensup devlet adamlarının taşkınlıkları, rakip ve düşmanların entrikalan ve özellikle Terken Hatun'un ihtiraslan sebebiyle bozulan ahenk, yalnız Nizamü'l-mülk ve Melikşah'ın birbirlerini takiben hayata veda et-melerine sebep olmakla kalmamış, aynı zamanda Büyük Selçuklu Devleti'ni sarsmış ve buhranlara sürüklemiştir".
Selçuklu Devleti'nin Zayıflaması ve Yıkılışı Melikşah'ın ölümünü takiben Selçuklu sultanlık tahtı uğrunda oğulları arasında hakimiyet kavgası şiddetlendi. Sağlığında büyük oğlu Berkyaruk'un tahta geçmesini isteyen Melikşah, öldüğünde bu vasiyeti Terken Hatun'un engeline takıldı. Henüz beş yaşında bulunan Mahmud'un sultan olması için neredeyse hazineyi emir ve askerlere peşkeş çeken Terken Hatun Berkyaruk yandaşlarını susturmak için yoğun çaba sarfetmişti. Aynı yoldan itirazlarını sürdüren halifeyi adeta satın alarak 22 Şevval 485 (25 Kasım 1092) yılında 'Nasıru'd-Dünya ve'd-Din' lakabıyla Mahmud adına hutbe okunmasına nail oldu. Öte yandan Nizamü'l-Mülk'ün yakınları Melikşah'ın ölümünü haber alır alamaz Berkyaruk'u İsfahan'da sultan ilan ederek adına hutbe okutup paralar bastırdılar. Böylece, Selçuklu güçleri Berkyaruk ve Mahmud arasında bölündüler. Bu olay Selçuklu siyasi iradesinin zayıflamasına yol açan ilk ciddi harekettir. Hanedan üyeleri arasında içte patlak veren bu taht kavgası, öteden beri Selçuklu merkez idaresi bünyesinde bulunmaktan memnun olmayan yerel Selçuklu yöneticilerini de harekete geçirdi.
Suriye Selçukluları (1078-1117),
Kirman Selçukluları (1041-1187),
Anadolu Selçukluları (1077-1307)
Büyük sultanın hakimiyetinden bağımsız olarak davranmaya başladılar.
Selçuklular'ın hakimiyet alanı aniden küçüldü:
Irak, Horasan ve Azerbaycan sultanlık tahtının çevresini saran savaşların birinci dereceden etkilendiği bölgelerdi.