Mondros Mütarekesi hükümlerinin uygulanmasıyla, orduda terhis işlemleri yapılmaya başlanmış, Alman havacı personel ülkeden ayrılmış ve 29 Temmuz 1918’de yeniden yapılanmaya çalışan Hava Kuvvetleri Genel Müfettişliği (Kuva-yı Havaiye Müfettişliği Umumiliği) kadroları boşalmış, sadece kâğıt üzerinde bir ad olarak kalmıştır. Bununla birlikte, Türk havacı personelin büyük ***retleriyle 1’inci Dünya Savaşı’ndan kalan uçaklarla İstanbul, İzmir ve Konya’da birer hava (tayyare) istasyonu, Elazığ ve Diyarbakır’da da birer hava (tayyare) bölüğü oluşturulmaya çalışılmış, gerek personel, gerekse uçak ve malzemeler anılan yerlerde toplanmaya başlanmıştır. Bu sıralar da, Türk milletinin bağımsızlığı ve vatanın bütünlüğünün sağlanması için Mustafa Kemal Paşa’nın önderliğinde Anadolu’da Kurtuluş Savaşı başlamış ve Türk havacıları da bu mücadelede yerini almak için Anadolu’da Konya Hava İstasyonu’na katılmışlardır.
Olaylar bu şekilde gelişirken Osmanlı Hükümeti Harbiye Nezareti, 25 Haziran 1920 tarihli emriyle, Hava Kuvvetleri Genel Müfettişliği’ni lağvetmiş ve personelini de dağıtmıştır. Böylece, Türk askerî havacılığı teşkilatsız, personelsiz, araç ve gereçsiz bırakılmış, diğer bir deyişle Osmanlı dönemi Türk havacılığı da sona ermiştir.
23 Nisan 1920’de Ankara’da Türkiye Büyük Millet Meclisinin açılmasından sonra ilk iş olarak düzenli ve disiplinli orduların kurulmasını esas kabul etmiş ve bu esasın paralelinde, Ankara hükümeti Millî Savunma Bakanlığının 13 Haziran 1920 tarihli emriyle, Harbiye Dairesi’ne bağlı olarak Hava Kuvvetleri (Kuva-yı Havaiye) Şubesi kurulmuştur.
Yeni Türk Devleti’nin ilk hava teşkilatının faaliyete geçirilmesinden sonra, eldeki kırık-dökük uçakların onarılmasına, malzeme temin edilmesine çalışılmış ve bu tarihlerden itibaren de Türk havacıları yokluklar içinde, ancak inançla doğu ve batı cepheleri Harekâtına katılarak görevlerini yerine getirmişlerdir.
1 Şubat 1921 tarihinde teşkilat değişikliği yapılmış ve Hava Kuvvetleri (Kuva-yı Havaiye) Şubesi’nin ismi de Hava Kuvvetleri Genel Müdürlüğü (Kuva-yı Havaiye Müdüriyeti Umumiyesi) şeklinde değiştirilmiştir.
Müteakiben, 5 Temmuz 1922 tarihinde bir teşkilat değişikliği daha yapılmış, Hava Kuvvetleri Genel Müdürlüğü yerine tümen yetkisinde Hava Kuvvetleri Müfettişliği (Kuva-yı Havaiye Müfettişliği) kurulmuştur.