Büyük Selçukluların Anadolu'da yaptırdıkları Diyarbakır Ulu Camisi (1091), revaklı avlusu, kubbesiz nefli planı ile Şam emeviye Camisi'ne benzer. Artuklularda Mihrap önü kubbesi önem kazanır. Silvan Ulucamisi (1152-1157), Mardin Ulucamisi (XII. yy), Harput Ulucamisi (1156-1157), Duynasır Ulucamisi (1204) gibi camilerde bu özellik görülmektedir. Artukoğullarında avlu önemini yitirmiştir; cephe mimarisi zengindir. Zengiler tarafından Anadolu'da yaptırıldığı sanılan Urfa Camisi'nde (XII. yy) ilk kez son cemaat yeri görülmektedir. Danişmentoğullarına ait yapılarda (XII. yy.) gene mihrap önü kubbesi kullanılmış, ayrıca aydınlık kubbesi denilen ikinci bir kubbeye yer verilmiştir. Divriği'de Mengüceklere ait külliye değişik tonoz örtüleriyle ve cephe mimarisiyle dikkati çeker. Burada ilk olarak Hünkâr Mahfili yapılmıştır.
XIII. yy’dan sonra anadolu, Selçukluların egemenliğine girdi. Anadolu Selçukluların (1077–1308) başkenti Konya bir kültür merkezi niteliğindeydi. İran ve Türkistan'dan getirilen mimarların inşa etmiş oldukları yapılar tük tuğla mimarisinin taşa uygulanmış biçimleridir.

Anadolu Selçukluları, çok sütunlu cami tipini kullandılar. Mihrap önü kubbesi daha büyük çapta yapıldı ve uzamda bütünlük sağlandı, avlu ve revaklı medreselerin portalleri anıtsal bir görünüm kazandı, iç süslemeye önem verildi.

Selçuklularda kubbe, kalın duvarlara oturmaktadır. sivri kemerli kapılar, pencere nişleri ve ahşap saçaklar sık görülen özelliklerdir. Selçuklu kentleri sağlam surlarla çevriliydi. Bunun en güzel örneği, günümüze kadar gelmiş olan Kayseri Surlarıdır. Konya Alâeddin Camisi (XII.-XIII. yy.) çeşitli dönemlerdeki eklemelerle değişik bir plan görünümü kazanmıştır. Mihrap önü kubbesinin bulunduğu kısım önünde avlu, avludaysa iki kümbet vardır. Doğuda kıbleye paralel altı nefli bir bölüm, batıda dört nefli bir başka bölüm bulunur. Bunlar, düz çatılı, mihraplı ve altmış iki sütunun bulunduğu büyük bir alanı kaplar. Kubbeye geçiş türk üçgenleriyledir. İki renkli kesme taştan portal, Zengin özelliği taşır. Niğde Alâeddin Camisi (1224), klasik Selçuklu Cami tipinin güzel bir örneğidir. İç kısım, kemerlerin birbirine bağlandığı haç biçiminde iki sıra paye ile kıble duvarına dikey üç nefe ayrılır. Kıble duvarında üç kubbe bulunur. İlk külliyelerden olan Kayseri Hond Hatun külliyesinin (1238) eyvanlı medresesi ile mihrap önü kubbeli camisi Büyük Selçuklu geleneğinin bir devamıdır. Anadolu'da, ağaç direkli camilerin yapıldığı, ama günümüze çok azını gelebildiği görülmektedir. Afyon ulu camisi (1272), Konya Sahib Ata Camisi (1283), Ankara Aslanhane Camisi (1290), Beyşehir Eşrefoğlu Camisi (1297), bunların en güzel örnekleridir. Bu dönemde, ayrıca tek kubbeli küçük mescitler de yapılmıştır. Konya Sırçalı Mecit (XIII. yy.) üç kemerli son cemaat yeri, kubbeye geçişteki Türk üçgenleri ve çinileriyle olgun bir örnektir.