Balıkesir Kongresi, bölgedeki milli kuvvetlerin sayılarının artması karşısında, bunların bir düzen altına alınması, beslenme ve teçhizatın sağlanması amacıyla düzenlendi. 28 Haziran - 12 Temmuz 1919 günleri arasında Hacım Muhittin Çarıklı başkanlığında toplandı. Balıkesir ve çevresinde Yunanlılar'ı Anadolu'dan çıkarmak için bir direniş hattı oluşturuldu.

26-30 Temmuz arasında, I. Balıkesir Kongresi'nde kurulan Merkez Heyeti, teşkilatı kuvvetlendirmek için Erzurum Kongresi sürerken, ikinci bir kongre topladı. Kongreye katılanlar bütün güçlerini birleştirmeyi, Yunanlılara karşı savaşmak için asker toplamayı ve gereken diğer bütün önlemleri almayı kararlaştırdı. Kongre, direniş hareketinin meşruiyetini sağlayacak bir dil kullandı. Yöre halkına ve İstanbul'a yumuşak mesajlar göndererek, faaliyetlerinin ittihatçılık ve çetecilikle alakası olmadığını, amaçlarının saltanatın ve hilafetin korunması olduğunu belirtti. Ayrıca, mücadelelerinin Yunan işgalini bertaraf etmekle sınırlı olduğu ve herhangi bir iktidar kaygısına düşmedikleri vurgulandı. Bu kongre, asker toplamanın yanında, bütün kongrelerde olduğu gibi, padişaha olan bağlılığını da bildirmişti. İşgal devletlerinin temsilcilerine telgraflar çekilmişti.