Sultan İkinci Bayezid İstanbul'da birbirinden güzel bir çok mimari eser ve kütüphaneler yaptırdı. 1505'de İstanbul Bayezid Camii ibadete açıldı. 14 Eylül 1509'da tarihinde "Kıyamet-i Suğra - Küçük Kıyamet" adıyla anılan deprem meydana gelmişti. Bu deprem İstanbul'u harabe haline getirdi. 1510 yılında İstanbul yeniden inşa edilmeye başlandı.

Sultan İkinci Bayezid'in yaptırdığı eserlerden bazıları şunlardır;

İstanbul Davud Paşa Camii,
Tokat Hatuniye Camii,
Çemberlitaş Atik Ali Paşa Camii,
Amasya Sultan İkinci Bayezid Külliyesi,
Amasya Bayezid Medresesi,
Edirne Bayezid Camii ve Medresesi,
İstanbul Bayezid Medresesi,
İstanbul Şehzade Camii.