Sultan Birinci İbrahim dönemi, sarayda birçok entrikanın ve makam kavgasının döndüğü bir devir oldu. Tüm bu karışık ortam içerisinde dahi bazı askeri başarılar oldu. 19 Nisan 1645'de Girit Seferine karar verildi.

30 Nisan 1645'de İstanbul'dan hareket eden Kaptan-ı Derya Yusuf Paşa komutasındaki Osmanlı Donanması, Aya-Todori adasındaki Turlulu ve Liman kalelerini fethetti. 27 Haziran 1645'de kuşatılan Hanya Kalesi, 22 Ağustos 1645'de teslim oldu.

Yusuf Paşa İstanbul'a dönerken 12.000 askerini ve Rumeli Beylerbeyi Küçük Hasan Paşa'yı Hanya muhafızlığına bıraktı. Sultan Birinci İbrahim, bir süre sonra Hanya muhafızlığına Deli Hüseyin Paşa'yı tayin etti. İlk seferden beş ay sonra Girit'i tamamen ele geçirmek amacıyla tekrar sefere çıkıldı ve sırasıyla Kisamo (9 Mart 1646), Aprikorno (22 Temmuz 1646), Milipotamo (11 Ekim 1646), Resmo (15 Kasım 1646) kaleleri fethedildi. Kandiye Kalesi 7 Temmuz 1647 günü kuşatıldı. 19 Şubat 1648 ve 20 Mayıs 1648 tarihlerinde kazanılan iki büyük zaferden sonra Kandiye Kalesi de teslim oldu.