Sık sık meydana gelen sadrazam değişiklikleri, Osmanlı İmparatorluğu'ndaki kötü gidişe son verilmesine engel oluyordu. Bu sıralarda gerek halk, gerekse devletin ileri gelenleri arasında Köprülü Mehmed Paşa'nın sadrazam olması ile bütün işlerin düzeleceği yolunda bir inanç doğmuştu. Sadrazam olması için teklif götürülen Köprülü Mehmed Paşa, bazı şartlar ileri sürdü.

Osmanlı tarihinde ilk kez bir kişi sadrazam olmak için bazı şartlar ileri sürüyordu. Saray devlet işlerine karışmayacak, istediği atamaları yapacak, hakkında bir şikayet olursa savunması alınmadan bir işlem yapılmayacaktı. Bu şartları kabul eden Sultan Dördüncü Mehmed, 15 Eylül 1656 tarihinde Köprülü Mehmed Paşa'yı sadrazamlığa getirdi.

Mali konularda bir çok düzenleme yapan Köprülü Mehmed Paşa, ulema arasında mevcut olan dini tartışmayı da sona erdirdi. Venedikliler tarafından işgal edilen Limni (15 Kasım 1657), Bozcaada ve İmroz geri alındı.

Konotop zaferiyle Rus Ordusu yenilgiye uğratıldı (12 Temmuz 1659) ve Erdel Beyi Rakoçi'nin isyanı bastırıldı (12 Kasım 1659).

Anadolu'da bağımsız yaşamaya başlamış beyler üzerine kuvvetler gönderdi ve istikrarı sağladı. Köprülü Mehmed Paşa, Sultan Dördüncü Murad ve Kuyucu Murad Paşa gibi şiddet yoluyla, ülkede asayişi sağlamaya çalıştı. Beş yıllık sadrazamlığı sırasında 35.000 kişiyi öldürttüğü söylenir.

Sadrazam Köprülü Mehmed Paşa'nın 30 Ekim 1661 tarihinde vefatı üzerine, oğlu Köprülü Fazıl Ahmed Paşa sadrazamlığa tayin edildi.

Bu sırada Erdel Beyliği yüzünden Osmanlı-Avusturya savaşları devam ediyordu. Köprülü Fazıl Ahmed Paşa, Avusturya üzerine sefere çıktı. Uyvar (24 Eylül 1663), Novigrad (4 Kasım 1663) kalelerinin fethedilmesi üzerine Avusturya barış istedi.

Yapılan Vasvar antlaşmasıyla (10 Ağustos 1664), Erdel Beyliği Osmanlı Devleti'ne bağlı kalacak, Uyvar ve Novigrad kaleleri Osmanlılara bırakılacak ve Avusturya savaş tazminatı verecekti.

Venediklilerin Girit için vergi vermeyi teklif etmesini kabul etmeyen Köprülü Fazıl Ahmed Paşa, donanmayla sefere çıktı. Selanik limanlarından Girit adasına silah ve cephane nakledildi. Benefşe üzerinden Girit'e gelip, Hanya'dan karaya çıkan Köprülü Fazıl Ahmed Paşa, Kandiye kalesini kuşattı. Yirmi altı ay süren bir kuşatmadan ve şiddetli çarpışmalardan sonra, Kandiye 5 Eylül 1669'da teslim olunca Girit'in fethi tamamlandı.