Sultan İkinci Mustafa ava merak saldığı için İstanbul yerine Edirne'de oturmaya başladı. İstanbul'daki askerler bu duruma isyan edip, Edirne üstüne yürüdüler. Sultan İkinci Mustafa, Edirne'de bulunan askerleri teşkilatlandırıp yolları tutturdu ama Edirne Ordusunun komutanları kardeş kanı dökmemek için geri çekildiler. İstanbul'dan gelen ordu Edirne'ye girdi. Sultan İkinci Mustafa tahttan indirildi. Yerine öz kardeşi Sultan Üçüncü Ahmed tahta çıkarıldı (22 Ağustos 1703).

Sultan İkinci Mustafa tahttan indirildikten sonra fazla yaşamadı. 4 ay 8 gün sonra öldü. Cenazesi İstanbul'a getirilip, Turhan Sultan türbesinde babası Sultan Dördüncü Mehmed'in yanına gömüldü.