Birçok enzim katalitik aktiviteye yardımcı olmak için bir kofaktör olarak bilinen ek bir küçük molekül gerektirir. Bir kofaktör, standart 20 amino asit tarafından gerçekleştirilemeyen kimyasal reaksiyonları gerçekleştiren, protein olmayan bir moleküldür. Kofaktörler inorganik moleküller (metaller) veya küçük organik moleküller (koenzimler) olabilir.
Kofaktörler, çoğunlukla metal iyonları veya koenzim, enzimlerin reaksiyonlarında işlev gören inorganik ve organik kimyasallardır. Koenzimler, protein olmayan organik moleküllerdir ve çoğunlukla fosforilasyon ile suda çözünen vitaminlerin türevleri; onlar aktif holoenzim üretmek için apoenzim protein molekülünü bağlarlar.
Apoenzim Nedir?

Bir kofaktör gerektiren fakat bir bağlılığı olmayan bir enzim. Bir apoenzim aktif olmayan bir enzimdir, enzimin aktivasyonu bir organik veya inorganik kofaktörün bağlanması üzerine oluşur.
Holoenzim Nedir?

Kofaktörü ile birlikte bir apoenzim. Bir holoenzim tam ve katalitik olarak aktiftir. Çoğu kofaktör kovalent bağlı değildir, bunun yerine sıkıca bağlıdır. Bununla birlikte, bir demir iyonu veya bir vitamin gibi organik protez grupları kovalent bağlı olabilir. Homoenzimlere örnek olarak DNA polimeraz ve birden fazla protein alt birimi içeren RNA polimeraz yer alır. Kompleks kompleksleri aktivite için gerekli tüm altbirimleri içerir.