Canlıların evrimsel ilişkilerini yani akrabalık derecelerini göz önüne alarak sınıflandırma çeşidine doğal sınıflandırma denilmektedir. Bir organizmanın evrimsel geçmişine filogenidenilmektedir. Bu nedenle doğal sınıflandırma filogenetik sınıflandırma alarakta adlandırılmaktadır. Doğal sınıflandırma bir diğer ifadeyle filogenetik sınıflandırma isveçli biyolog ve fizikçi Carl Linnaeus (linne) tarafından yapılmıştır.
Doğal sınıflandırma türlerinde; hücre tipi ve sayısı, protein benzerlikleri gibi benzeri birçok özellik dikkate alınmaktadır. Filogenetik sınıflandırma yapılırken dikkate alınan en önemmli özelliklerden bir tanesi homolog organlardır. Ayrıca doğal sınıflandırma bir diğer ifadeyle filogenetik sınıflandırma bilimsel bir sınıflandırma çeşididir.
Canlıların embriyonik gelişim döneminde aynı hücre gruplarından farklılaşan organlar aynı organlar aynı kökene sahiptir. Kökenleri aynı, görevleri farklı olabilen organlara homolog organ denilmektedir. Homolog organların yapı ve gelişimleri birbirlerine benzemektedirler.
Bunu örneklerle açıklamak gerekirse; insanın kolu, atın ayağı, balinanın yüzgeci ve yarasanın kanadı gerek damar, gerek kas ve gerekse kemik sayısı bakımından büyük benzerlikler göstermektedir. Bu bilgilerden yola çıkarak insan kolunun, atın ayağının, balinanın yüzgecinin ve yarasanın kanadının aynı kökenlerden gelen homolog organlar olduğunu söyleyebiliriz.
Akrabalık derecelerinin belirlenmesinde temel özellikler şunlardır;

  • Homolog organ
  • Embriyonik benzerlik
  • Biyokimyasal benzerlik
  • Fizyolojik benzerlik
  • Fosillerden elde edilen kanıtlar

Filogenetik (doğal) sınıflandırma yapılırken nelere dikkat edilir? Filogenetik (doğal) sınıflandırma yapılırken kullanılan ölçütler nelerdir?

  • Hücre yapısının benzerliklerine
  • DNA (deoksiriboz nükleik asit) benzeliklerine
  • Proteinlerinin benzerliklerine
  • Enzimlerinin benzerliklerine
  • Vücutlarındaki simetrik benzerliklerine
  • Fizyolojik ve anatomik benzerliklerine
  • Embriyonik benzerliklerine
  • Boşaltım atıklarının benzerliklerine
  • Evrim süreçlerinin benzerliklerine
  • Homolog organ benzerliklerine dikkat edilir ve ölçüt olarak kullanılır.

Canlılarda filogenetik sınıflandırma bir diğer ifadeyle doğal sınıflandırma yapıldıktan sonra şu şekilde sınıflandırılırlar;
Prokaryot Canlılar

  • Bakteriler
  • Arkebakteriler

Ökaryot Canlılar

  • Protista
  • Bitkiler
  • Mantarlar
  • Hayvanlar