Ekosistemin dengesini değiştirmeye çalışan her şey, bu ekosistemin sağlığını ve varlığını potansiyel olarak tehdit ediyor. Bu tehditlerin bir kısmı, doğal koşulların sağlanması şartıyla doğal olarak çözülebileceklerinden aşırı endişelenmez. Diğer faktörler ekosistemleri tahrip edebilir ve hayatlarının tümünü veya bazılarını soyu tükenebilir.

Habitat Tahribatı

Günlüğe kaydetme, madencilik, çiftçilik ve inşaat gibi ekonomik faaliyetler genellikle doğal bitkisel örtüyle yerlerin temizlenmesidir. Çoğu zaman, ekosistemin bir faktörüyle kurcalamak, üzerinde dalgalanma etkisine sahip olabilir ve bu ekosistemin daha fazla veya tüm diğer faktörlerini etkileyebilir. Örneğin, kereste için bir orman parçasının temizlenmesi, toprağın üst katmanlarını güneşin ısısına maruz bırakarak erozyon ve kurumaya neden olabilir. Ağacın gölgesinden ve neminden ötürü ölen ya da başka yerlere göç eden birçok hayvan ve böceklere neden olabilir.
Kirlilik

Su, toprak ve hava kirliliği hep birlikte ekosistemlerin sağlığında önemli bir rol oynamaktadır. Kirlilik, doğal veya insan kaynaklı olabilir, ancak potansiyel olarak yıkıcı ajanları veya kimyasalları (kirleticiler) canlıların ortamlarına bırakabilirler. “Örneğin bir gölde, ekolojik denge üzerinde bitki büyümesini uyararak ve oksijen eksikliğinden kaynaklanan boğulma nedeniyle balık ölümüne neden olarak tahribat yaratabilir. Oksijen döngüsü duracak ve kirli su da göl suyuna bağımlı hayvanları etkileyecektir ”Kaynak: Bir ekosistem, WWF üzerindeki kirliliğin etkisini araştırın.
Ötrofikasyon

Bu, su kütlelerinin, özellikle azot ve fosfor gibi besin maddelerinin sürekli olarak akması sonucunda bitki biyokütlesi ile zenginleştirilmesidir. Suyun ötrofikasyonu aşırı bitki ve alg oluşumunu hızlandırır ve ayrıca su hayatını acıtır, genellikle flora ve fauna çeşitliliğinin kaybıyla sonuçlanır. “Kültürel ötrofikasyonun bilinen sonuçları, mavi-yeşil alglerin (yani, siyanobakteriler, Şekil 2), kirlenmiş içme suyu kaynaklarının, eğlence fırsatlarının bozulmasının ve hipoksinin çiçeklenmesini içerir. Sadece ABD’de ötrofikasyonun aracılık ettiği tahmini hasar maliyeti yaklaşık 2.2 milyar dolardır (Dodds ve ark. 2009) Kaynak: Ötrofikasyon: Sucul Ekosistemlerde Nedenleri, Sonuçları ve Kontrolleri, Michael F. Chislock
İstilacı Türler

Bir ekosisteme doğru yol alan herhangi bir yabancı türün (biyolojik), doğal veya insani giriş ile ekosistem üzerinde bir etkisi olabilir. Eğer bu uzaylı, bu ekosistemin savunmasız ve yerli üyelerini avlama yeteneğine sahipse, er ya da geç silinecektir. 1970’lerde yabancı Nil Nil ve Nil Tilapia’yı Victoria Gölü’ne sokmanın bir yıkıcı etkisi, çiklit ailesindeki 350+ endemik balık türünün neredeyse yarısının yok oluşuydu.
Balık türleri, oyun ve özel bitkilerin hepsi zaman zaman aşırı hasat ya da insanlara aşırı bağımlılığın bir sonucu olarak mağdur düşmektedir. Aşırı hasat, işe alımda genel bir azalma ile nüfus, topluluk yapıları ve dağıtımlarındaki azalmaya yol açar. Çok sayıda balık türünün maksimum sömürü seviyelerine ulaştığı bilinmektedir ve diğerleri yakında olacaktır. “Örneğin, Oreochromis karongae, Malavi’deki en değerli balıklardan biridir, ancak 1990’larda aşırı avlanma nedeniyle nüfuslar çökmüştür ve şimdi Tehlikede olanlardır” Kaynak: IUCN, Büyük Tehditler
UV Işını

Güneş ışınları canlılarda önemli bir rol oynar. UV ışınları üç ana dalga boyunda bulunur: UVA, UVB ve UVC, ve farklı özelliklere sahiptirler. UVA’nın uzun dalga boyları vardır ve dünya yüzeyine her zaman ulaşır. Canlılar için D vitamini üretmeye yardımcı olur. UVB ve UVC daha yıkıcıdır ve planlara ve hayvanlara DNA ve hücre hasarına neden olabilir. Ozon tükenmesi, canlıları UVB ve UVC’ye maruz bırakmanın bir yoludur ve neden olunan zarar, birçok türün silinmesine ve insanlar da dahil olmak üzere ekosistem üyelerini etkileyebilir.