Embriyonun belirli hücrelerinin biçim ya da yerleşim yeri değiştirmeye programlanmış olması gibi, diğerleri de ölmeye programlanmıştır.Apoptozis olarak adlandırılan bir programlanmış hücre ölümü tipi, aslında hayvan gelişiminin yaygın bir özelliğidir.Gelişimin çeşitli zamanlarında, bireysel olarak hücreler, hücre takımları ya da tüm dokular gelişimlerini durdurur ve komşu hücreler tarafından yutulur. Bazı durumlarda, organizmanın larval ya da diğer olgunlaşmamış formlarındaki bir yapı, işlev görür ve gelişimin daha sonraki safhalarında ortadan kaldırılır.Bilindik bir örnek, kurbağa başkalaşımı sırasında apoptozise giren iribaş kuyruk hücreleridir. Apoptozis, aynı zamanda, hücreler birbirleriyle hayatta kalmak için yarışa girdiği zaman meydana gelmektedir. Örneğin, omurgalı sinir sisteminin gelişimi esnasında, ergin omurgalıda bulunan nöronlardan çok daha fazlası üretilir. Genelde, nöronlar diğer nöronlarla işlevsel bağlantılar yaptıkları zaman hayatta kalırlar, eğer yapamazlarsa
ölürler.Apoptozise giren bazı hücrelerin gelişen embriyoda hiçbir fonksiyonu yok gibi görünmektedir. O zaman bu tip hücreler neden oluşuyor?Bu soruya, amfibilerin, kuşların ve memelilerin evrimi göz önüne alınarak cevap bulunabilir. Bu gruplar evrimsel süreçte birbirlerinden ayrılmaya başladıklarında, bir omurgalı vücudunu oluşturmak için gereken gelişimle ilgili program zaten yerini almıştı. Bugünkü vücut formlarındaki farklılıklar, ortak gelişimsel programın değişime uğraması sırasında ortaya çıkmıştır. Bu, tüm omurgalıların erken embriyolarının neden birbirine bu kadar benzediğinin sebebidir.Canlı grupları evrildikçe, artık seçici bir avantaj sağlamayan atasal program tarafından oluşturulan birçok yapı, hücre ölümü için hedef hâline gelmiştir.
Örneğin, ortak gelişim programı, embriyonik parmaklar arasında bir perde oluşturmuştur. Ancak birçok kuşta ve memelide, bu perde apoptozis tarafından ortadan kaldırılmıştır.Gördüğünüz gibi, hücre davranışı ve altında yatan mekanizmalar, embriyonun morfogenezi için şarttır.