Kadını yaratarak insanları felakete ve ıstıraba sürüklenmesi Zeus'un öfkesini yatıştırmamıştı, üstelik Pandora'nın kutuyu açmasıyla tüm kötülükler yeryüzüne yayılmış, insanlar birbirleri ile kavga etmeye, savaşmaya, birbirlerini öldürmeye başlamışlardı bunun üzerine Zeus onlara çok daha büyük bir ceza vermeye karar verdi.Onları tamamiyle yok etmemek müthiş bir tufanın dalgaları arasında onları boğmak istedi.
Fakat Prometheus bu defa da insanların yardımına koştu ve Oğlu Deukalion'a Zeus'un planlarından bahsetti. Deukalion ve Epimetheus ile Pandora'nın kızı olan karısı Pyrrha Thessalia'da yaşıyorlardı. Deukalion Thessalia'nın kralıydı. Olacakları duyunca Babasının tavsiyesi ile üzeri kapalı bir kayık yaptı ve karısı ile onun içine girdi. Yağmurlar yağdı, sular kabardı, ortalık baştan başa deniz kesildi. Onlar dokuz gün dokuz gece boyunca dalagalar üzerinde çalkalanıp durdular. Onuncu gün sular alçalmaya başladı ancak ikisinden başka bütün insanlar boğulmuştu. Bu tufan felaketinden kurtula karı koca Othrys dağına yanaştılar ve karaya ayak bastılar.
Deukalion ve karısı daha sonra adalet tanrıçasının yanına gidip insan soyunun tekrar yaratılması için yardım istediler. Adalet tanrıçası onlara ,Yüce Ana'nın yani Gaia'nın kemiklerini omuzlarının üzerinden atmalarını söyledi. Deukalion ve karısı önce buna çok şaşırdılar. Ardından Deukalion Yüce ana'nın toprak olduğunu hatırladı, buna göre kemikleride kayalar, taşlar olmalıydı. Taşları omzunun üzerinden fırlattığında bu taşlar erkek haline dönüştü, Pyrrha da fırlattı taşları, onun fırlattıkları da kadına dönüştüler. Böylelikle insan soyu yeniden başlatılmış oldu.