Büyük Sultan Melikşah’ın ölümü (1092) ile başlayan taht kavgaları yüzünden imparatorluk dörde bölündü. Melikşah’tan sonra iç mücadeleler arasında Sultan'ın oğlu Berkyaruk (1092-1104), dağılan imparatorluğu toparlayamadı. Onun saltanatta hak iddiacısı amcası, Suriye Selçuklu Meliki Tutuş ile çarpıştığı (1095), babası zamanından beri ülkede yer altı faaliyetini artırmış dinî-siyasî Bâtınî hareketi ile mücadeleye girdiği bu tarihlerde, Haçlı orduları da memleketin batı bölgesini istilâya başlamışlardı. Berkyaruk’un kardeşi Sultan Muhammed Tapar (1104-1118) kuzeyde Gürcü saldırılarını durdururken, bir yandan Bâtınîler, bir yandan da Haçlılar’la savaşa girişti (1111- 1113, 1115 seferleri), fakat Türk siyasî liderleri arasında tam bir görüş birliği olmayışı başarıyı önledi. Yerine geçen oğlu Mahmud (1118-1131)’a karşı büyük amcası (Sultan Melikşah’ın oğlu), Horasan Meliki, Sançar kendini Selçuklu Sultanı ilân ederek (1119-1157), Mahmud’u himâyesine aldı. Mahmud “Irak Selçuklu Devleti” Sultanı olarak kalırken, Sançar Büyük Sultan oluyordu. Başkent Merv şehri idi. Daha “Melik” iken Gazneliler’i ve 1121’de de, Afganistan’da gelişmekte olan Gurlu devletini kendine bağlayan Sultan Sançar, 1133 tarihli mektubundan anlaşılacağı üzere bu yıllarda Horasan, Mâveraünnehir, Harezm’de hükmediyor, Anadolu, Kuzey Hindistan ve Hicaz onun üstünlüğünü tanıyordu. Fakat Katavan Savaşı (1141)’nda putperest Kara-Hitaylar’a yenilmesi itibarını kırdı, Mâveraünnehir’i elden çıkardı, daha sonra soydaşı Oğuzlar’a esir düşmesi (1153), Harezm’in ayrılmasını sonuçlandırdığı gibi, merkez Horasan’ı da Oğuz işgâli altına soktu. Sançar’ın ölümü (Eylül 1157) ile Büyük Selçuklu İmparatorluğu fiilen nihayet buldu. Irak Selçuklu devletinde Sultan Mahmud’dan sonra gelen Muhammed (ölm. 1131), II. Tuğrul (ölm. 1134) ve Mes’ud (ölm. 1152) zamanları iç karışıklıklar ve dünya devleti kurmaya kalkışan, arazi zaptına girişen Bağdat halifeleri ile mücadeleler içinde geçti. İyice zayıflayan Selçuklu idaresinde son hükümdar olan III. Tuğrul zamanında fiilî iktidar Musul, Azerbaycan ve Fars atabeklerinde idi. Sultan Tuğrul’un Harezmşah Tekiş’e mağlûp olarak ölmesi (1194) ile toprakları Harezmşahlar’a intikal etti.