Babai Ayaklanması, Anadolu Selçuklu Devleti tarihindeki en büyük Türkmen ayaklanmasıdır. 1239’da veya daha yüksek ihtimalle 1 Ağustos 1240 tarihinde, Vefâîyye[1] tarikatına bağlı Ebu'l-Baka Baba İlyas bin Ali el-Horasânî'nin müridlerinden olan Baba İshak Kefersudî'nin öncülük ettiği ayaklanma. Anadolu Selçuklu ordusunca paralı Frank askerlerinin büyük desteği ile güçlükle de olsa bastırılmıştır. Ama bu olayın izleyen dönemde ortaya çıkan ve Babailik olarak bilinen dinsel-siyasal hareketin etkisi yıllarca sürmüştür. Yerleşik halkın inançlarına göre dinî sapkınlık olarak kabul edilen, ama Türkmenlerin Orta Asya'dan getirdikleri inançlar ile İslamiyet'in bir nev'i sentezi olarak kabul edilebilen Babailik, Aleviliğin ana temellerinden biri olmuştur. Ayrıca, XVI. yüzyıldaki Alevi-Türkmen ayaklanmaları üzerinde de büyük etkisi vardır. Sonuçları itibarıyla bu isyan ile Anadolu Selçukluları zayıflamış ve Anadolu, Moğolların saldırısına açık hale gelmiştir.
13. yüzyılda Moğol baskısıyla çok sayıda göçebe Türkmenler, Azerbaycan ve Horasan'dan Anadolu'ya göçmüştü. Ama Anadolu Selçuklu yönetimi bu kitlelerin batı kesimlerine geçmelerine izin vermiyordu. Anadolu’da yerleşik yaşama geçmiş olan Türkmenler ile bu yeni gelen göçer Türkmenler arasında da otlak ve kışlak paylaşımında anlaşmazlıklar yaşanıyordu. Anadolu’da dar bir bölgede sıkışıp kalan Türkmenler kısa sürede yoksulluğa sürüklendiler. Bu durum göçerler ile yerleşikler arasında çatışmalara yol açtı. Anadolu Selçuklu yönetimi yerleşik olan halkı koruyor ve yeni gelenleri cezalandırıyordu. Anadolu Selçuklu Sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev'in adaletsiz yönetimi, yoksul ve haksızlığa uğrayan geniş kitlelerinin Baba İlyas'ın çevresinde toplanmasına da yol açtı. Baba İlyas'ın yardımcısı olan Baba İshak, göçebe Türkmenleri örgütledi ve onları bir ayaklanmaya hazırladı. Artık Baba İshak'tan gelecek işareti beklemeye başlamışlardı. Bu sırada II. Gıyaseddin Keyhüsrev'in Baba İlyas'ın üzerine asker göndermesi ayaklanmayı ateşledi.
Baba İshak'ın ayaklanan Türkmenlerin yanı sıra, Halep ve Antep yöresine sürülmüş olan Harezm Türkleri de katılınca ayaklanma geniş bir bölgeye yayıldı. Elbistan'da yenilen Anadolu Selçuklu ordusu Sivas'ı ayaklanmacılara bırakmak zorunda kaldı. Ardından Amasya ve Kayseri de ayaklanmacıların eline geçti. Ayaklanmacılar başkent Konya’yı tehdit etmeye başlayınca, II. Gıyaseddin Keyhüsrev buradan ayrılmak zorunda kaldı. Baba İlyas'ın Amasya Kalesi'nde öldürülmesi ayaklanmacıları daha da kışkırttı. Ayaklanmacılar Kırşehir'e doğru ilerlemeye başladı. Ama bu arada Anadolu Selçuklu ordusu da toparlanmıştı ve paralı Frank askerlerinin katılmasıyla güçlenmişti. Kırşehir çevresindeki savaşta Anadolu Selçuklu ordusu ayaklanmacıları yenilgiye uğrattı. 1240'ta Amasya'da Baba İshak asılarak öldürüldü ve ayaklanmacıların çoğu kılıçtan geçirildi.
Babai Ayaklanması, Anadolu Selçuklu Devletini iyice güçsüz duruma düşürdü ve Anadolu Selçukluları Anadolu’ya giren Moğollara 1243’teki Kösedağ Savaşı’nda teslim olmak zorunda kaldı. Babai Ayaklanması bastırılmasına karşın, bu harekete bağlı olarak yayılan Babailik inancı etkisini uzun zaman sürdürmüştür.