Sinüzit, doğru tedavi edildiğinde komplikasyon nadir görülür. Ancak enfeksiyon hassas bölgelere yayılırsa ölümcül sonuçlar doğurabilir. Enfeksiyon, özellikle, göz çukuru ve kafaiçine yayıldığında sorunun ciddiyeti artar. Belirtilen komplikasyonlar hem akut hem de kronik sinüzit ataklarından sonra ortaya çıkmaktadır. Bu komplikasyonlar;

1 - Kafaiçi Komplikasyonlar
Frontal, etmoid (ethmoid) ve sfenoid (sphenoid) sinüsler, kafaiçi boşluğundan ince bir kemik tabaka ile ayrılır. Eğer enfeksiyon, bu kemiği geçerse, beyni saran doku ve sıvılarda da yaygınlık göstererek menenjite neden olabilir. Daha ileri tabakalara ilerlerse, beyin içinde apse (ya da iltihap toplanması) oluşturacak ciddi durumlara da sebebiyet verebilir. Bu tür sorunlar yaşamı tehdit edicidir, yoğun ve acil tedavi gerektirir.

2 – Göz Çukuru Komplikasyonları
Frontal, maksiler (maxillary), etmoid (ethmoid) ve sfenoid (sphenoid) sinüsler, göz çukurunun etrafına yerleşmişlerdir. Bundan dolayı bu sinüslerin iltihapları, göz çukuruna yayılarak gözkapağı apselerinden körlüğe kadar giden bir dizi komplikasyona sebep olabilir.

3 - Damar Komplikasyonları
damar sorunları sinüzitKarotis atardamarı (şahdamarı) ve kavernus sinüs; sfenoid sinüs ile komşuluğu olan iki büyük damarsal yapıdır. Bu yapılardan herhangi birinin enfekte olması sonucu anevrizma ya da beyne pıhtı gitmesi gibi yaşamı tehdit edici komplikasyonlar ortaya çıkabilir.

4 - Astım
Bazı hastalar, aynı anda astım ve kronik sinüzit sorunu yaşayabilirler ve bu hastalardaki sinüzit atakları (sinüzitin alevlenmesi), astım ataklarını tetikleyebilir. Birçok çalışmada, hastalardaki sinüzit tedavisi ile astım ilerleyişinin durduğu gözlenmiştir.

5 - Osteomyelit / Osteomyelitis: Kemikiliği iltihabı
Yakın zamanda yapılan bazı çalışmalar, kronik sinüzit enfeksiyonlarından kemikler de etkilenmişse, enfeksiyon tedavisinin daha da güçleşeceğini göstermektedir. Böyle bir komplikasyon, yukarıda ifade edildiği gibi kafaiçi ve göz içi enfeksiyonlara zemin hazırlayabilir.

6 - Koku ve Tat Kaybı
Sinüzit, birbiri ile ilişkili olan tat ve koku duyularını eş zamanlı etkileyebilir. Bu duyuların azalması, zararın niteliğine göre geçici ya da kalıcı olabilir. Birçok vakada neden, kokuları nakleden koku sinirinin olduğu bölgedeki hava akışının bozulmasıdır. Bu durumun düzeltilmesi ile bu hava akışı da düzelebilir. Bu özellikle, nazal poliplerden şikâyet eden hastalar için faydalıdır. Fakat bazı vakalarda kronik sinüzit, koku taşıyan sinüslerin olduğu bölgeleri kalıcı zarara uğratmış da olabilir.