İstanbul ili Eminönü ilçesinde bugünkü İstanbul Üniversitesi Fen ve Edebiyat Fakültelerinin bulunduğu binanın yerindeki bu konak, Kavalalı Mehmet Ali Paşa’nın kızı ve Sadrazam Yusuf Kamil Paşa’nın eşi Zeynep Kamil Hanım tarafından XIX. yüzyılın sonlarına doğru yaptırılmıştır. Bu konağın bulunduğu yerde XVII. yüzyılda yapılmış ve Mihrişah Valide Sultan’ın kethüdası Yusuf Ağa’ya ait bir konak olduğu kaynaklardan öğrenilmektedir.
Zeynep Hanım Konağı zenginliği ile özellikle Abdülaziz (1861–1876) döneminde ün yapmış, 1903–1909 yıllarında yetimhane ve Darü’l-Hayr-ı Âli (Sanat Okulu) olarak kullanılmıştır. Konak 1909’da Darü’l Fünun’a tahsis edilmiş, burada tıbbiye ve hukuk dışında kalan Ulum-ı Edebiye, Ulum-ı Şer’iye ve Fen bölümlerinde eğitim yapılmıştır. Y.Mimar Ekrem Hakkı Ayverdi 1922 yılında konağı onarmış, 28 Şubat 1942’de yanmıştır. Günümüze bu konaktan yalnızca Türk ve İslâm Eserleri Müzesi’nde bulunan kitabesi gelebilmiştir. Bu kitabeyi Hattat Vahdeti Efendi 1864 yılında yazmıştır.
Zeynep Hanım Konağı kuzey-güney doğrultusunda dikdörtgen planlı, üç katlı bir yapı idi. Yapımında ampir ve neo-rönesans üslupları egemen olmuştur. Simetrik düzendeki konağın cephesi kademeli biçimde ileriye ve geriye çekilerek hareketli bir görünüm elde edilmiştir. Kat aralarına, saçak hizasında silmeler, plasterler yerleştirilmiştir. Bu plasterlerden zemin kattakiler toskana başlıklı, ikinci kattakiler korint başlıklı olarak düzenlenmiştir. Pencereler birbirlerinden farklı biçimlerde olup, değişik ayrıntılıdırlar. Zemin kat madeni şebekeli ve yuvarlak kemerlidir. Birinci ve ikinci katlardaki pencereler dikdörtgen söveli olup, bazılarının çevresinde ion başlıklı gömme sütunların taşıdığı yuvarlak kemerler bulunmaktadır.
Konağın girişi doğu cephesinde olup, girişin ortasında dışarıya doğru çıkıntı yapan basık kemerli bir alınlık bulunmaktadır. Buradaki alınlık ve pencerelerin üzerleri kıvrımlı dal kabartmaları ile doldurulmuş, bunların ortasına da yapım kitabesi yerleştirilmiştir. Harem ve selamlık bu cephenin eksenine göre iki yana kaydırılmıştır.
Konak orta ve iç sofalı plan tipinin enine gelişmesi ile değişik bir plan düzeni ortaya çıkmıştır. Ancak bu düzen kullanım yönünden yeterli değildir. İç plan düzeni cephelere yansımamış, harem ve selamlık sofaları ile onların çevresinde farklı ölçülerde odalar sıralanmıştır. Katlar arasında üç kollu merdivenler bulunmaktadır. Konağın hamam ve servis birimleri batı cephesine yerleştirilmiştir.