Ayasofya haziresindeki Sultan III. Murat’ın (1546–1695)Türbesi, ölümünden sonra Mimar Davut Ağa tarafından yaptırılmıştır. Türbe Sultan II. Selim ile Şehzadeler Türbesi’nin arasındadır. Türbenin yapımına 1595 yılında başlanmış, Mimar Davut Ağa’nın yanı sıra Dalgıç Ahmet Ağa da kendisine yardımcı olmuştur. Davut Ağa’nın 1598’de ölümü üzerine türbeyi Mimar Dalgıç Ahmet Ağa 1599–1560 yılında tamamlamıştır.
Türbenin dışı mermer kaplı, altıgen planlı olup, üzeri iç ve dış olmak üzere iki kubbe ile örtülmüştür. Bu kubbeler doğrudan doğruya duvarların üzerine oturtulmuştur. Burada Mimar Sinan’ın Kanuni Sultan Süleyman ve Sultan II. Selim türbelerinde uyguladığı sistem tekrar edilmiştir. İç mekânda altı sütun ortadaki sandukalar ile dış duvarlar arasındaki koridoru meydana getirmiştir.
Türbenin içerisindeki duvarlar sekilerden itibaren 4.20 m. yüksekliğe kadar XVI. yüzyılın mercan kırmızısı rengindeki çinilerle kaplıdır. Pencere ve dolapların etrafı çiçekli bir bordür ile çevrelenmiş, aralarda kalan duvar yüzeylerine kırmızı palmet, yeşil kıvrık yaprak, mavi şakayık ve Çin bulutlarından oluşan çiniler yerleştirilmiştir. Bunlar renk, kalite ve kompozisyon yönünden yapıldığı dönemin en güzel örnekleri arasındadır. Pencerelerin üzerinde lacivert zeminli, beyaz ve celi-sülüs ile yazılmış Besmele ve ayetleri kapsayan bir yazı kuşağı çepeçevre dolaşmaktadır. İç mekândaki büyük sivri kemerler kalem işleri ile boyanmıştır. Pandantiflerin ortasına birer dairevi madalyon yerleştirilmiş ve buraya Esma-i Hüsna yazılmıştır. Kubbe yazı ve çeşitli motiflerle bezelidir. Ortada Besmele ile birlikte Fatiha suresinin bulunduğu bir madalyon yer almaktadır. Ayrıca İsmi Celâl ve İsmi Nebi’nin tekrarlandığı kufi bir yazı şeridi de dikkati çekmektedir.
Türbenin abanoz ağacından yapılmış kapısı Türk ağaç işçiliğinin güzel örnekleri arasındadır. Kapının sağ ve sol kanatlarındaki “Küllü nefsin Zâikatü’l- mevt sümme ileyna terceün” ayetinin yazılı olduğu sedef kakmalı kareler Dalgıç Ahmet Ağa’ya aittir.
Türbede çeşitli ölçülerde 50 sanduka bulunmaktadır. Sultan III. Murat başta olmak üzere, hasekisi ve Sultan III. Mehmet’in annesi Safiye Sultan, III. Murat’ın kızları Fahri, Mihriban ve Fatma sultanlar ve ayrıca 20 kızı, Sultan I.Ahmet’in şehzadesi Kasım, Sultan III. Mehmet’in tahta çıktığı sırada öldürülen 20 şehzadesi, 20 kızı, Sultan İbrahim’in bir şehzadesi ve iki kız gömülüdür.
Türbenin yanında Sultan III. Murat’ın oğullarının gömülü bulunduğu dıştan sekizgen, içten dört köşeli Şehzadeler Türbesinde Padişahın dört oğlu ile kızı gömülüdür.