Köprülü Fazıl Mustafa Paşa, 1637 yılında İstanbul'da doğdu. Köprülü Mehmed Paşa'nın ikinci oğlu, Köprülü Fazıl Ahmed Paşa'nın kardeşidir. İkinci Viyana Kuşatmasını izleyen günlerde iş başına getirilmiş, aldığı köklü ve yerinde tedbirlerle İmparatorluğun yıkılmasını geçici bir süre için de olsa durdurmayı başarmıştır.

Sultan İkinci Süleyman ve Sultan Üçüncü Ahmed dönemlerine rastlayan görev süresi sadece iki yıl sürmüştür. Ağabeyi gibi çok iyi bir öğrenim görmüş, kültürlü, zeki, ileri görüşlü bir devlet adamıdır. Müderris olmuş, 1680'de vezir rütbesiyle Silistre valiliği ve Babadağı serdarlığına atanmıştır. Sultan Dördüncü Mehmed'in tahttan indirilmesinde rol oynamış, bu olaydan sonra Kandiye ve Sakız muhafızlığına atanmıştır. Avusturyalıların Serasker Recep Paşa'yı Belgrad önlerinde yenilgiye uğratmasından sonra, devletin her açıdan zor durumda olduğu bir ortamda, 1689 yılında sadrazamlığa atanmıştır.

Sadrazam olur olamaz iç karışıklıkları bastırmakla işe başlayan Köprülü Fazıl Mustafa Paşa, halkı ezen gereksiz vergileri ortadan kaldırmış, saraydaki değerli eşyaları darphanede paraya çevirerek maliyeyi düzeltmiş ve ordudaki asker sayısını azaltarak orduyu yenilemiştir. Avusturyalıların üzerine yürüyerek Niş, Budin ve Belgrad'ı geri almış, 1691 yılında savaş alanında şehit düşmüştür.